Открываем для примера две картинки. Активизируем одну из них. Здесь выделяем инструментом выделения нужный для совмещения фрагмент. (Впрочем, можно выделить и всю картинку.) Копируем его в буфер обмена: Edit>Copy (<Ctrl>+<C>). Переходим к следующей картинке и вставляем в нее содержимое буфера: Edit> Paste (<Ctrl> + <V>). В итоге мы имеем два слоя в одной картинке. Но виден только верхний.